Benchling: Condividere online la ricerca genetica



sofwtare per genetica e bioinformatica ricerca genetica

Gli sviluppatori di software hanno acquisito negli anni numerose piattaforme per lavorare insieme, a distanza, su di uno stesso progetto senza doversi incontrare e scambiarsi direttamente “pezzi” di codice. Il lavoro dei genetisti e dei bioinformatici, rispetto al loro, è rimasto all’età della pietra per quanto riguarda gli strumenti di collaborazione…fino ad oggi. Benchling è un nuovo strumento basato su cloud che ha lo specifico scopo di creare una piattaforma collaborativa, ed uno standard universale, nel campo della genetica. Il progetto, nato all’ MIT, è stato finanziato in fase di startup e “incubato” grazie alla piattaforma di crowd-funding Y-Combinator. Il software permette di modificare, condividere e collaborare al sequenziamento , tutto all’interno della finestra di un browser. Gli utenti possono creare librerie delle loro sequenze e permettere ad amici o colleghi di apportare modifiche, inserire annotazioni e commenti, condividere con altri ricercatori in ambito genetico. Il sistema assomiglia a diversi strumenti già noti nell’ambito della condivisione documentale sul web come Github o Google Drive, comprensivo di una “history” delle modifiche e delle annotazioni.

Il software, gratuito e di libero utilizzo nella fase di open-beta, è compatibile con i seguenti standard:

  • NCBI BLAST search
  • FASTA
  • GenBank
  • JBEI
  • vectorNTI
  • SBOL
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