Unificare i formati per la microscopia, online c’è Open Microscopy

Unificare i formati per la microscopia, online c’è Open Microscopy

22/10/2013 Off By LabIta
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Schermate del software in azione

Le immagini ad alta risoluzione si trovano dappertutto nella ricerca biologica, rendendo il processo di analisi, salvataggio, condivisione e pubblicazione fondamentale per i ricercatori. Le immagini promuovono l’integrità della ricerca, impediscono errori di duplicazione ed aiutano a diffondere le scoperte scientifiche. La OME (Open Microscopy Environment), ha deciso di guidare la sfida alla semplificazione dei formati, creando un punto d’accesso unificato per più di 130 tipi di file diverso, attraverso una libreria di “traduzione” chiamata Bio-Formats ed una piattaforma software per la visualizzazione chiamata OMERO.

portavoce di OME Helen Flynn

La portavoce di OME Helen Flynn

Migliaia di laboratori nel mondo possono dunque utilizzare il programma della OME per accedere e gestire i dati, rendendolo di fatto uno strumento essenziale per ogni ricercatore.
Bio-Formats è una libreria java open source che permette a qualsiasi software di manipolazione di immagini di modificare formati per le immagini biologiche permettendo un’interoperabilità tra gli istituti.

Tra i più grandi vantaggi, come sottolinea Helen Flynnn di OME, c’è la garanzia di poter leggere e manipolare le immagini anche dopo che l’azienda proprietaria del formato sia chiusa o il formato dichiarato obsoleto, cosa che spesso accade grazie al rapido evolversi della ricerca e della tecnologica informatica dedicata ad essa.

Alcuni dei formati utilizzabili e manipolabili sono:

  • i3dcore
  • Qu per MATLAB e ITK
  • KNIME
  • IDL
  • MATLAB
  • Adobe Photoshop
  • Imago
  • Endrov
  • CellProfiler
  • FocalPoint
  • VisBio
  • XuvTools
  • Vaa3D
  • OMERO
  • BISQUE.
  • Numerosi altri , potete trovare la lista qui.