Schermate del software in azione

Le immagini ad alta risoluzione si trovano dappertutto nella ricerca biologica, rendendo il processo di analisi, salvataggio, condivisione e pubblicazione fondamentale per i ricercatori. Le immagini promuovono l’integrità della ricerca, impediscono errori di duplicazione ed aiutano a diffondere le scoperte scientifiche. La OME (Open Microscopy Environment), ha deciso di guidare la sfida alla semplificazione dei formati, creando un punto d’accesso unificato per più di 130 tipi di file diverso, attraverso una libreria di “traduzione” chiamata Bio-Formats ed una piattaforma software per la visualizzazione chiamata OMERO.

La portavoce di OME Helen Flynn

Migliaia di laboratori nel mondo possono dunque utilizzare il programma della OME per accedere e gestire i dati, rendendolo di fatto uno strumento essenziale per ogni ricercatore.
Bio-Formats è una libreria java open source che permette a qualsiasi software di manipolazione di immagini di modificare formati per le immagini biologiche permettendo un’interoperabilità tra gli istituti.

Tra i più grandi vantaggi, come sottolinea Helen Flynnn di OME, c’è la garanzia di poter leggere e manipolare le immagini anche dopo che l’azienda proprietaria del formato sia chiusa o il formato dichiarato obsoleto, cosa che spesso accade grazie al rapido evolversi della ricerca e della tecnologica informatica dedicata ad essa.

Alcuni dei formati utilizzabili e manipolabili sono:

• i3dcore
• Qu per MATLAB e ITK
• KNIME
• IDL
• MATLAB
• Adobe Photoshop
• Imago
• Endrov
• CellProfiler
• FocalPoint
• VisBio
• XuvTools
• Vaa3D
• OMERO
• BISQUE.
• Numerosi altri , potete trovare la lista qui.

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rappresentazione dei layer del vetrino da laboratorio nel nuovo polimero

Sony DADC Biosciences, azienda leader nella produzione di polimeri, in collaborazione con l’azienda SCHOTT AG, noto produttore di vetri speciali di alta qualità, ha sviluppato uno speciale vetrino fatto di vetro-polimero per il cell imaging. Questi nuovi vetrini combinano i vantaggi della plastica modellata e del vetro super sottile di copertura, per fornire un robusto e ultra sottile vetrino da usare con i microscopi confocali per avere una rappresentazione di cellule ad alta risoluzione.

Questo nuovo vetrino ibrido ha una base acrilica dello spessore di solo 1mm, con una copertura di vetro spessa solo 170 micron. La profondità interna della camera di questi vetrini è di circa 100 micron. Grazie alla sua sottigliezza, il design piatto della camera, questi vetrini ibridi in vetro-polimero offrono eccezionali prestazioni ottiche, e presentano una fluorescenza di fondo quasi inesistente. I vetrini sono stati presentati al pubblico per la prima volta all’appena conclusasi Biotechnica 2013 di Hannover, in Germania e le aziende prevedono di sviluppare più prodotti basati sul design ibrido per una vasta gamma di applicazioni.

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lo spettrometro PicoSpin 80 durante l’utilizzo con la sonda nella soluzione

Laboratori accademici e industriali adesso possono adesso raccogliere facilmente i dati di risonanza magnetica nucleare ad alta intensità (NMR) sulle molecole in soluzione utilizzando il  picoSpin80 di Thermo Fisher Scientific, uno spettrometro NMR portatile ed economico costruito per il funzionamento da banco. Il magnete dello strumento è progettato per fornire una risoluzione superiore di caratteristiche chimiche e strutturali non disponibili utilizzando strumenti con una forza di campo magnetico più bassa.

Sulla base delle specifiche pubblicate, lo spettrometro picoSpin80 presenta una risoluzione più alta di molti altri spettrometri noti e disponibili come strumenti NMR da banco, offrendo agli scienziati ed ai ricercatori un valido supporto al già esistente spettrometro picoSpin45, predecessore del PS-80.

“Il picoSpin80 e il picoSpin45 stanno rivoluzionando il mondo dell’analisi NMR per molto scienziati, specialmente del mondo accademico, industriale o appartenenti a laboratori di ricerca e sviluppo” – dice Simon Nunn, il direttore marketing della sezione di spettroscopia molecolare della Thermo Fisher Scientific – “Il picoSpin80 fornisce quasi il doppio della potenza analitica del picoSpin45, producendo spettri molto più dettagliati e segnando un altro passo nel nostro continuo impegno per rendere gli spettrometri NMR di alta qualità accessibili al maggior numero di scienziati.”
Lo spettrometro picoSpin80 possiede numerose caratteristiche e benefici che includono:

• Un magnete a temperatura controllata che non richiede liquidi criogenici
• Un design leggero e portatile destinato a rendere più semplice la condivisione di strumenti tra
• laboratori;
• Facile utilizzo del sistema fluido capillare che non necessita di tubi NMR o di altri materiali consumabili.

Curiosa campagna di viral marketing per il picospin 80

Nell’ambito di una curiosa campagna sui social media, uno dei ricercatori che hanno aiutato a sviluppare lo strumento, si è fatto immortalare sulla cima di una montagna del Colorado (USA) con lo spettrometro tra le braccia (foto)

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Normalmente essa si presenta cosi:

• Polinucleati neutrofili: da 60 a 70%
• Polinucleati eosinofili: da 1 a 5%
• Polinucleati basofili: da 0 a 2%
• Mononucleati linfociti: da 25 a 30%
• Mononucleati monociti: da 3 a 7%

Normalmente, questa formula sanguigna può subire delle variazioni dell’ordine del 20%. Essa varia in numerosi sindromi in maniera più o meno significativa e rilevante dal punto di vista patologico. I neutrofili passano dal 60% alla nascita al 30% ad un anno, per risalire progressivamente al 60% a dodici anni, come nell’adulto. I linfociti seguono le variazioni inverse. Si dice che la formula del bambino è invertita in rapporto a quella dell’adulto. Questa inversione esiste anche in certe malattie.
L’aumento o la diminuzione di una delle categorie della formula leucocitaria, la comparsa di formule anormali provenienti dal midollo, dove sono fabbricati tutti i globuli, possono essere molto utili da conoscere in numerose malattie. Bisogna sapere che le cifre della formula sono soggette a variazioni molto più importanti di quelle delle altre analisi. Infatti, la composizione di questa formula viene effettuata al microscopio riconoscendo e contando da 200 a 300 i leucociti solamente e, da un operatore all’altro, le variazioni possono sfortunatamente essere notevoli, nonostante stabilire le formule in maniera rigorosamente riproducibile sia ormai lo standard attraverso strumentazione dedicata che permette inoltre di fornire informazioni sul contenuto enzimatico dei globuli bianchi, utile per la ricerca di numerose anomalie.
Si tratta della costante H.P.X. (alta attività perossidasica) che è normale da 0 a 2,5% e della costante L.U.C, (grandi cellule non colorate), che è normale da 0 a 3%. Un aumento dell’H.P.X. corrisponde ad elementi la cui attività perossidasica è più elevata di quella dei neutrofili (granulari giovani). Le variazioni di H.P.X. permettono di seguire le infezioni e le malattie dei neutrofili giovani. Un aumento di L.U.C, corrisponde sia a linfociti più grandi del normale, o a linfociti anormali, o a blastociti, vale a dire cellule anormali che sostituiscono i leucociti, sia ad una deficienza perossidasica dei neutrofili, degli eosinofili e dei monociti. I L.U.C, presentano un interesse molto grande per seguire le remissioni o le ricadute in caso di presenza di queste cellule. Troverete tipicamente queste informazioni in un emogramma esaustivo.

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Entrambi i kit sono stati progettati per essere compatibili con le più famose e largamente usate piattaforme di sequenziatori  create dall’azienda Illumina, e saranno resi disponibili in un prossimo futuro per sistemi basati su Ion Torrent.

Una delle principali questioni da affrontare durante la preparazione delle librerie di DNA per il Next Generation Sequencing è la necessità di possedere grandi quantità di materiale di partenza: questo pone un problema enorme quando si tratta di analizzare campioni di tessuti embrionali e di biopsie tumorali. Finora le tecniche utilizzate per aggirare questo problema erano troppo costose e richiedevano un grande numero di manodopera.  Il kit EpiNext ha affrontato questo problema, permettendo la preparazione e la metilazione delle librerie di DNA ed anche l’analisi dell’interazione delle proteine del DNA con piccole quantità di DNA stesso.

come si presenta il kit di sequenziamento rapido della epigentek

Il kit EpiNext bisolfito – seq ad alta sensibilità crea una libreria sensibile di sequenziamento del bisolfito utilizzando il bisolfito stesso una volta che si è legato al DNA. Il kit EpiNext di preparazione delle librerie di DNA è in grado di creare delle librerie con un DNA iniziale di meno di 0,2 ng. Utilizzando i kit EpiNext, l’intero processo di sequenziamento può essere completato in meno di 8 ore, risparmiando un sacco di tempo e di risorse. Epigentek è distribuita in Italia da TemaRicerca.

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