Metagenomica, software online individua microorganismi e patologia in corso
20/06/2016
Uno strumento basato sul Web per la diagnosi delle malattie infettive attraverso la rapida interpretazione dei dati di sequenziamento del DNA è ora disponibile per la comunità medica.
Il software di analisi metagenomica che alimenta il programma “Taxonomer” è stato sviluppato presso l’Università dello Utah (Salt Lake City, USA). La metagenomica, l’analisi genomica di una popolazione di microrganismi, rende possibile la profilazione delle comunità microbiche nell’ambiente e nel corpo umano con una accuratezza e ampiezza senza precedenti. Il suo utilizzo in rapida espansione sta rivoluzionando la comprensione della diversità microbica in ambienti naturali e artificiali e cerca di correlare i profili delle comunità microbiche con la salute e le patologie.
Il programma Taxonomer è uno strumento ultraveloce basato sul web per l’analisi dei dati di metagenomica e per la visualizzazione rapida dei risultati ed una corretta individuazione tassonomica dei microorganismi presenti. I dati di sequenziamento del DNA di un campione clinico vengono caricati tramite Internet su Taxonomer. In meno di un minuto, lo strumento visualizza un inventario di tutti gli agenti patogeni nel campione, compresi i virus, batteri e funghi. Taxonomer è unico nel fornire una classificazione basata su proteine e nucleotidi integrato e a base di proteine e un profilo di mRNA.
Utilizzando casi di studio reali, gli sviluppatori hanno mostrato che Taxonomer ha rilevato infezioni precedentemente non riconosciute e ha rivelato i profili di espressione di mRNA ospitanti antivirali.
“le nostre analisi mostrano che Taxonomer sa essere da dieci a cento volte più veloce di strumenti simili,” ha detto l’autore senior Dr Robert Schlaberg, assistente professore di patologia clinica presso l’Università dello Utah. “Taxonomer fornisce un passo fondamentale in avanti, in quanto è estremamente rapido, preciso, e abbastanza facile da usare per l’implementazione nei laboratori diagnostici.”
Per facilitare la condivisione dei dati in tutto il mondo, Taxonomer è pubblicamente disponibile tramite un’interfaccia utente basata su web all’indirizzo http://taxonomer.com .
I risultati dello studio sono stati pubblicati nel 26 Maggio 2016, nell’ edizione on line della rivista Genome Biology.
